Abstract
Designed is an optimized scheme for SNP analysis of the genome wide sequences of plague agent strains, based on the consecutive algorithm of clusterization of individual intraspesific Y. pestis groups. The scheme comprises 680 singular polymorphic nucleotides (SNPs), the usage of which provides not only for the clustering of closely related strains, but for the determination of phylogenetic bonds between groups of strains and order of their divergence from the common tree-trunk of the plague agent evolution. Based on the consecutive 680-SNP algorithm, carried out is the analysis of genome wide sequences of C-627 Y. pestis strain isolated in Central-Caucasian high-mountain focus (Russia), strain 1454 isolated in Altay mountain focus (Russia), strain 231 (708) – Aksay high mountain focus (Kirgizia), and vaccine EV NIIEG (Research Institute of Epidemiology and Hygiene) strain, applied for immunization in the Russian Federation and in a number of other countries. Identified are the genome variants of the strains: 1. ORI3 (EV NIIEG), 2. MED0 (C-627), 0.ANT3 (231(708)), 0.ANT4 (1454), and their place in the scheme of Y. pestis global variation. Evidenced is the absence of the chromosomal region responsible for pigmentation in the genome wide sequence of the vaccine strain EV NIIEG, which testifies to its safe use for specific plague prophylaxis.
Highlights
На основе ступенчатого 680-singular polymorphic nucleotides (SNPs) алгоритма проведен анализ полногеномных последовательностей штаммов Y. pestis C-627 из Центрально-Кавказского высокогорного очага (Россия), штамма 1454 из Алтайского горного очага (Россия), штамма 231 (708) из Аксайского высокогорного очага (Киргизия) и вакцинного штамма EV НИИЭГ, используемого для вакцинации людей от чумы в Российской Федерации и ряде других стран
Analysis of the Genome Wide Sequence of Yersinia pestis strains Based on the Consecutive 680-SNP Algorithm
Based on the consecutive 680-SNP algorithm, carried out is the analysis of genome wide sequences of C-627 Y. pestis strain isolated in Central-Caucasian high-mountain focus (Russia), strain 1454 isolated in Altay mountain focus (Russia), strain 231 (708) – Aksay high mountain focus (Kirgizia), and vaccine EV NIIEG (Research Institute of Epidemiology and Hygiene) strain, applied for immunization in the Russian Federation and in a number of other countries
Summary
Для полногеномного секвенирования использованы штаммы Y. pestis из Государственной коллекции патогенных бактерий при РосНИПЧИ «Микроб», где они хранились в лиофильно высушенном состоянии. Выделение ДНК штаммов Y. pestis проводили по стандартной методике в соответствии с МУ 1.3.2569‐09 «Организация работ лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I–IV групп патогенности». Секвенирование геномов штаммов осуществляли на генетическом анализаторе модели Ion Torrent Personal Genome Machine (PGMTM). Сборку контигов (фрагментов геномной последовательности) и определение их взаимного расположения проводили в Newbler Assembler 2.4.1 (454 Life Science). Анализ полногеномных последовательностей осуществляли с помощью алгоритма BLAST (NCBI GenBank). Построение дендрограмм, на основании 680-SNP алгоритма, проводили с применением программного обеспечения Bionumerics v.7.0 (Applied Math NV, Бельгия)
Sign-in/Register to view highlights & summary Sign-in/Register to access full text options 
Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a callDisclaimer: All third-party content on this website/platform is and will remain the property of their respective owners and is provided on "as is" basis without any warranties, express or implied. Use of third-party content does not indicate any affiliation, sponsorship with or endorsement by them. Any references to third-party content is to identify the corresponding services and shall be considered fair use under The CopyrightLaw.
