Analysis of the C12A-p8MTCP1 protein internal motions using fast spectral density mapping at multiple magnetic fields

Abstract

La cartographie des densites spectrales a differentes valeurs d'induction magnetique est certainement la meilleure methode pour decrire le comportement dynamique d'une proteine en solution, a travers l'analyse des parametres de relaxation heteronucleaire 15 N. Cependant, de telles analyses ne sont que rarement reportees dans la litterature, probablement parce que cette methode est excessivement consommatrice de temps machine. En effet, si l'on utilise n valeurs differentes de champs magnetiques, l'echantillonnage discret de la fonction de densite spectrale par 2n + 1 points demande la mesure de 3n parametres de relaxation (n R 1 , n R 2 et n 15 N{ 1 H}NOEs), dans l'hypothese de validite de l'approximation des hautes frequences. Nous avons propose une nouvelle strategie qui permet de decrire la fonction densite spectrale par n + 2 points en ne mesurant qu'un total de n +2 parametres de relaxation heteronucleaire, moyennant quelques approximations dont nous avons verifie la validite par simulation. Appliquee a l'analyse de la proteine C12A-pB MTCP1 a cinq inductions differentes de champ magnetique, cette approche permet de diviser au minimum par deux le temps de mesure experimentale, sans alterer l'interpretation dynamique des fonctions de densite spectrale par le modele de Lipari-Szabo.