Analiza ekspresji genu GAPDH w Solanum lycopersicum L. podczas infekcji wirusem nekrozy pomidora – ToTV

Abstract

Real-time PCR (polymerase chain reaction) is a method commonly used for analysis of genes expression. However, accurate interpretation of real-time PCR results needs additional normalization step, where the expression level of analyzed gene is corrected to the actual amount of total RNA taken for the analysis. As a normalizer any gene can be used, provided its expression is stable during the experiment. GAPDH (glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase) is one of candidates that might be used as a reference gene for normalization of real-time PCR. Here we indicated a high identity of GAPDH mRNA sequence isolated from ten varieties of tomato (Solanum lycopersicum). Moreover, we reported here, that expression of the gene was rather unstable in tomato during Tomato torrado virus infection (ToTV). Real-time PCR (polymerase chain reaction) prowadzona w czasie rzeczywistym łańcuchowa reakcja polimerazy jest jedną z technik umożliwiających ocenę zmian w poziomie ekspresji genów. Jednakże poprawna interpretacja wyników uzyskanych tą metodą wymaga normalizacji, co oznacza, że poziom transkryptu analizowanego genu należy zawsze odnosić do poziomu transkryptu genu referencyjnego, którego ekspresja powinna być stała w warunkach eksperymentu. Jednym z genów, którego transkrypt jest powszechnie stosowanym do normalizacji w real-time PCR jest mRNA dehydrogenazy aldehydu 3-fosfoglicerynowego (GAPDH – glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase). Wyniki prowadzonych prac wskazują na wysoki poziom podobieństwa sekwencji GAPDH u badanych odmian pomidora (Solanum lycopersicum), co umożliwiło zaprojektowanie uniwersalnej pary starterów do real-time PCR. Analiza ekspresji genu GAPDH przeprowadzona na podstawie obliczeń wykonanych z wykorzystaniem algorytmów geNorm, Normfinfder, BestKeeper oraz metodą porównania ΔCt, wskazuje na wahania poziomu GAPDH w S. lycopersicum podczas zakażenia ToTV.