더 긴 극대 공통 부분 서열을 찾기 위한 알고리즘

Abstract

극대 공통 부분 서열(Maximal Common Subsequence, MCS)은 어떤 문자라도 추가하면 더 이상 공통 조건을 만족하지 않는 공통 부분 서열이다. 최근에 두 문자열의 MCS를 찾는 알고리즘이 제시되었는데, 이 알고리즘은 제곱 시간이 걸리는 최장 공통 부분 서열(Longest Common Subsequence, LCS) 계산 알고리즘에 비해 매우 빠르다. 하지만 이 알고리즘에 의해 계산된 MCS는 LCS보다 훨씬 짧다는 것이 실험적으로 밝혀졌다. 본 논문에서는 기존 알고리즘을 개선하여 더 긴 MCS를 찾는 두 가지 알고리즘을 제시하고, 다양한 실제 데이터와 랜덤 생성 데이터에 대한 실험을 통해 성능의 개선을 확인한다. 본 논문에서 제시한 알고리즘은 실제 데이터에서는 1.47～3.17배, 랜덤 데이터에서는 1.50～3.08배 길이의 MCS를 찾는다.