흑한우와 한우 및 수입우를 판별하기 위한 multiplex PCR 기술

Abstract

본 연구는 현행 한우확인시험법에 이용되는 Microsatellite (MS)와 소의 유전형질 중 품종 판별에 주로 이용되는 Melanocortin Receptor 1 (MC1R) 유전자상의 Single Nucleotide Polymorphism (SNP)를 분석하여 설계한 Primer를 Multiplex PCR을 활용하여 소의 품종을 판별하였다. MC1R 유전자형은 <TEX>$E^D$</TEX>, <TEX>$E^+$</TEX>, e형의 3Type으로 나뉘며 <TEX>$E^D/E^D$</TEX>, <TEX>$E^D/E^+$</TEX>, <TEX>$E^D/e$</TEX>, <TEX>$E^+/E^+$</TEX>, <TEX>$E^+/e$</TEX>, e/e의 6가지 유전자형을 가진다. <TEX>$E^D$</TEX>유전자형은 외래종이 지닌 유전자형으로 <TEX>$E^D/E^D$</TEX>, <TEX>$E^D/E^+$</TEX>, <TEX>$E^D/e$</TEX>이 이에 속하며, e유전자형은 한우가 지닌 유전자형으로 e/e의 유전자형을 가진다. 흑한우의 경우 <TEX>$E^D$</TEX>, <TEX>$E^+$</TEX>, e의 모든 유전자형을 가지고 있으나 이는 교잡에 의해 나타난 것으로 보이며 <TEX>$E^+$</TEX>유전자형이 흑한우 고유의 유전자형으로 추정되어 본 연구에서는 이에 따라 <TEX>$E^+/E^+$</TEX>, <TEX>$E^+/e$</TEX>의 유전자형을 흑한우로 분류하였다. 그러나 <TEX>$E^D$</TEX>, <TEX>$E^+$</TEX>의 경우 단순 PCR기법만으로는 그 판별에 어려움이 있어, MS Maker를 활용한 다형성 분석을 통해 흑한우와 수입우를 판별할 수 있는 새로운 Primer를 설계하였으며, 이를 통해 소의 품종을 판별하였다. For the identification of the Jeju black cattle, Hanwoo and imported beef, we performed a multiplex polymerase chain reaction (PCR) associated with microsatellite (MS) and melanocortin 1 receptor (MC1R) gene. The MC1R gene plays an important role in regulation of the melanin synthesis within mammalian melanocytes. MC1R encoded by extension (E) locus was almost fixed with recessive red e allele in the Hanwoo. We estimated that the specific genotypes (<TEX>$E^+/E^+$</TEX>, <TEX>$E^+/e$</TEX>) of MC1R gene were characteristic genotypes of Jeju black cattle. But the PCR products resulted from using the MC1R gene derived primers only are not sufficient to identify Jeju black cattle from other relatives. We performed two times of successive multiplex PCR to provide a more accurate result for the identification of Jeju black cattle. The results suggest that two types of successive multiplex PCR methods using MC1R gene and Microsatellite derived primer set will be more useful to identification of Jeju black cattle, Hanwoo and imported beef.