Репродуктивный потенциал – уровень физического и психического состояния организма, позволяю- щий при достижении социальной зрелости воспроизводить здоровое потомство. В узком биомедицинском смыс- ле определение включает комплекс функциональных показателей репродуктивной системы, но в более широком смысле его можно рассматривать как совокупность физиологических, поведенческих, адаптивных, ментальных, ан- тропометрических и генетических характеристик особи, способствующих размножению. Целью настоящей работы было расширить область применимости созданного ранее Web-сервиса SNP_TATA_Z-tester для поиска кандидатных маркеров однонуклеотидного полиморфизма (SNP) на хромосоме Y человека, связанных с мужским репродуктив- ным потенциалом (МРП). В поиске кандидатных SNP-маркеров для МРП мы сосредоточились на генах хромосомы Y человека. Изучены 35 SNP в промоторах генов CDY2A, SHOX и ZFY, представляющих все три типа генов хромосомы Y человека: уникальный, псевдоаутосомный и паралог гена хромосомы X человека соответственно. Предсказаны 11 кандидатных SNP-маркеров ослабления МРП из-за изменения сродства TATA-связывающего белка (TBP) к этим промоторам. Выборочно верифицированы in vitro величины сродства «TBP-промотор», предсказанные в этой рабо- те. Установлена достоверная корреляция (r = 0.94, p < 0.005) между ними и результатами измерения in vitro сродства ТВР человека к олигонуклеотидам, идентичным сайтам ТВР-связывания исследуемых промоторов. Проведя поиск в базе данных PubMed по ключевым словам, мы нашли клиническое описание патологических состояний человека, соответствующих изменению экспрессии генов, несущих предсказанные нами кандидатные SNP-маркеры. Среди них оказались такие патологии, как нарушение сперматогенеза (ZFY: rs1388535808 и rs996955491), задержка поло- вого созревания (CDY2A: rs200670724), нарушения эмбриогенеза (SHOX: rs28378830) и непропорционально низкий рост с деформациями Маделунга (SHOX: rs1452787381). Они свидетельствуют, что в случае SNP-промоторов генов хромосомы Y человека следует ожидать изменений широкого круга показателей МРП, выходящих далеко за рамки генетического контроля собственно мужской репродуктивной функции.