Abstract
A new approach to the search for regulatory SNPs (rSNPs) based on the use of ENCODE project data on ChIP-seq and RNA-seq experiments was developed. The approach was successfully used for the detection of rSNPs associated with colorectal cancer susceptibility. To start out with, we used raw sequence data of 15 independent ChIP-seq experiments run on colorectal cancer cell line HCT-116, which allowed us to generate the initial pool of 7985 SNPs located in regulatory regions. For further selection of functional SNPs, we used the ChIP-seq binding bias analysis and revealed 775 SNPs that are more likely to influence transcription regulation in HCT-116 cells. Then the RNA-seq bias analysis in HCT-116 cells was performed. As a result, we confirmed the functionality of 231 SNPs, which were classified as rSNPs. In order to select rSNPs potentially associated with colorectal cancer we chose those in strong linkage disequilibrium with SNPs asso-ciated with this pathology according to GWAS and ClinVar data. Functional annotation analysis of genes containing the rSNPs selected confirmed the involvement of BAIAP2L1 and BUB3 genes in colorectal cancer predisposition. We also found two genes (RRAGD and FZD6) playing a role in the RAS/MAРK and WNT signaling pathways. Although the involvement of the RAS/MAРK and WNT pathways in colon cancer is a well-known fact, these two genes are still unknown candidates. Moreover, we found 14 new candidate genes with promise for further study of colorectal cancer predisposition.
Highlights
Разработан новый подход к поиску регуляторных SNP, основанный на анализе ChIP-seq и RNA-seq данных проекта ENCODE
The approach was successfully used for the detection of regulatory SNPs (rSNPs) associated with colorectal cancer susceptibi lity
We used raw sequence data of 15 independent ChIP-seq experiments run on colorectal cancer cell line HCT-116, which allowed us to generate the initial pool of 7985 SNPs located in regulatory regions
Summary
Выявление новых регуляторных SNP, ассоциированных с предрасположенностью к развитию колоректального рака. Разработан новый подход к поиску регуляторных SNP (rSNP), основанный на анализе ChIP-seq и RNA-seq данных проекта ENCODE. В качестве исходных данных были взяты результаты 15 независимых ChIP-Seq экспериментов, выполненных на клеточной линии колоректального рака HCT-116, что позволило сформировать пул из 7985 SNP, расположенных в ре гуляторных районах генов. Для отбора из них тех, что могут иметь отношение к развитию колоректального рака, были взяты rSNP, находящиеся в одной группе сцепления Мы ис пользовали в работе результаты экспериментов ChIP-seq и RNA-seq из проекта ENCODE, полученные на клеточной линии колоректального рака HCT-116, для выявления новых регуляторных SNP, которые могут быть связаны с предрасположенностью к развитию этого заболевания. Материалы и методы Были использованы материалы ChIP-seq (c антителами к ряду гистоновых меток и негистоновых белков) (таблица) и RNA-seq (SRX159835) экспериментов, выполненных на линии HCT-116, депонированные в SRA (sequencing read archive NCBI, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/). Для корректировки смещения величины покрытия в сторону референсного аллеля мы сконструировали аль тернативный геном, в который были введены найденные
Sign-in/Register to view highlights & summary Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a callDisclaimer: All third-party content on this website/platform is and will remain the property of their respective owners and is provided on "as is" basis without any warranties, express or implied. Use of third-party content does not indicate any affiliation, sponsorship with or endorsement by them. Any references to third-party content is to identify the corresponding services and shall be considered fair use under The CopyrightLaw.
