Combined use of surface-enhanced laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry and empirical proteomic ontology knowledge base for identification of serum biomarkers for colorectal cancer

Abstract

目的：探讨表面增强激光解析离子化飞行时间质谱仪（SELDI-TOF-MS）联合蛋白质组学实验数据库方法研究结直肠癌患者血清标志物的可行性.方法：应用SELDI-TOF-MS对169例结直肠癌患者与83例正常人血清进行了蛋白质谱检测,通过Biomarker WizardTM与Biomarker PatternsTM软件分析发现差异蛋白,建立结直肠癌诊断模型;用蛋白质组学实验数据库检索鉴定出有意义的差异蛋白,并用ELISA法对结直肠癌患者及正常人血清样本中差异蛋白表达进行验证.结果：发现34种差异蛋白,以质荷比（m/z）为2873,3163,6121,7778的4种差异蛋白组成的分类树诊断模型,在学习模式下其诊断结直肠癌的灵敏度为91.57%,特异度为90.53%;在测试模式下分别为82.25%,80.72%.其中m/z为7778的蛋白峰强度在结直肠癌患者血清中明显高于正常人（P〈0.01）,数据库检索结果提示该蛋白为血小板因子4（PF4）.ELISA法测定结直肠癌患者血清PF4水平显著高于正常人（P〈0.01）,其灵敏度及特异度分别为61.1%,76.9%.结论：SELDI-TOF-MS联合蛋白质组学实验数据库的方法简便可行,可为蛋白芯片研究提供新思路;PF4（m/z=7778）在结直肠癌患者血清中明显升高,是结直肠癌患者新的血清学标志物.